介绍
年11月15日,《中华传染病杂志》发布了一篇针对所有感染性疾病的宏基因组学临床应用专家共识——中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识。该共识由医院张文宏教授作为通讯作者,全国18家单位共22位编写专家组成员讨论撰写,就第二代测序技术的临床应用范围、样本采集、分析解读和诊断效能等进行了证据总结,给出了27条推荐意见。证据强度:
A为强烈推荐;
B为推荐,但其他替代方案也可接受;
C为推荐强度低,寻求替代方案;
D为从不推荐。
证据质量:
Ⅰ为证据来自随机对照试验;
Ⅱ为证据来自非随机对照试验;
Ⅲ为证据仅来自专家意见。
推荐意见1
若怀疑细菌、真菌、DNA病*、寄生虫、不典型病原体感染且需进行二代测序检测时,建议采用DNA检测;若怀疑RNA病*感染时,则建议采用RNA法检测(A,Ⅱ)。解读:
二代测序检测范围广,覆盖细菌、真菌、病*和寄生虫,既可以检测DNA也可以检测RNA。DNA和RNA共检测不遗漏任何一类微生物。推荐意见2
对于临床疑似感染的病重、病危或免疫抑制、免疫缺陷的感染患者,建议在完善传统实验室及分子生物学检测的同时,采集疑似感染部位的标本进行二代测序(B,Ⅱ)。解读:
二代测序在检测传统方法无法检测的病原体中有优势,且在一定的覆盖度下,能检测病原体耐药基因、阴性结果能排除感染性疾病等。建议参考相对应的专家共识,例如《宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识》《发热待查诊治专家共识》《发热伴肺部阴影鉴别诊断专家共识》《mNGS规则及应用---宏基因组学测序技术在中重症感染中的临床应用专家共识(第一版)》等专家共识。推荐意见3-5
对于怀疑中枢神经系统急性感染的患者,如有条件,推荐在抽取脑脊液时同步留取2mL脑脊液标本保存于-16~20℃冰箱。在完成常规生物化学检查和培养之后,若3d内未获得明确的病原学依据且经验性抗感染治疗无效,推荐对留存脑脊液标本进行二代测序检测。若未留存标本,可重新采集标本(A,Ⅱ)。对于疑似中枢神经系统病*感染的患者,如有条件,推荐在抽取脑脊液时同步留取2mL脑脊液标本保存于-16~20℃冰箱。在传统PCR分子检测(包括多重探针分子PCR方法)后若未能获得明确的病原学依据,推荐对留存脑脊液标本进行二代测序检测。若未留存标本,可重新采集标本(A,Ⅱ)。对于慢性中枢神经感染及需要随访病原学证据的患者,可首选二代测序进行检测(A,Ⅱ)。解读:
二代测序能检测到中枢神经系统感染中新发或者少见的病原体,可提高结核性脑膜炎患者病原体检出。参考推送文献解读:中枢神经系统感染的mNGS检测和中枢神经系统感染。推荐意见6-7
对于怀疑血流感染的患者,如有条件,推荐在抽取血培养标本时同步留取2mL血标本,分离血浆后保存于-16~20℃冰箱,血培养3d未报阳且经验性抗感染治疗无效时,推荐对留存血标本进行二代测序检测。若未留存标本,可重新采集标本(A,Ⅱ)。对于怀疑继发性血流感染的患者,在原发感染灶的病原学检测阴性或因各种因素无法送检合适标本进行检测的情况下,可考虑将血标本的二代测序检测作为二线检测方法(B,Ⅲ)。解读:
血流感染可为原发性,亦可继发于局灶性感染。由于大部分血流感染的病原体包括细菌、真菌、寄生虫(如疟原虫)、部分病*(如疱疹病*)均以DNA作为遗传物质,所以推荐将DNA二代测序作为血流感染的首选检测方法,仅在不能排除RNA病*感染(如肾综合征出血热、登革热、病*性肺炎等)时推荐进行RNA二代测序。血液RNA病*检测推荐阅读真相只有一个”之案例集锦篇---发热伴血小板减少综合征(新布尼亚病*)血培养与血二代测序存在优势互补的情况。故目前推荐在患者起病后尽快进行二代测序检测,如有条件,可在采取血培养标本的同时留取血液标本保存于-16~20℃环境,以备后续的二代测序检测。在已经接受治疗的患者中进行血二代测序作为补充检测仍有较大价值。优先病灶处样本。推荐意见8
对于怀疑局灶感染的患者,在对局灶部位完成常规的生物化学、培养或PCR检测后,若未能获取病原学诊断结果,推荐将二代测序作为二线的首选检测手段(B,Ⅱ)。解读:
局灶性感染的主要特点为临床表现多样,可伴有不典型的临床症状如疲劳、体质量减轻、胃肠道症状等。二代测序可提高皮肤软组织感染、骨关节感染、眼内感染、尿路感染、浆膜腔感染、其他组织感染中的病原学检测能力。送检要求请查阅