宏基因组病原微生物检测（mNGS）是一种新的基于高通量测序的临床标本微生物检测手段，它不依赖于传统微生物培养，并能从标本中无偏向性地鉴定细菌、真菌、病*、原生生物等多种微生物的种属信息，得出疑似致病病原体及相应的耐药基因信息，适用于不明发热查因、疑难危重疾病等特殊感染患者。
而标本的采集和运输是病原微生物检测关键的一环。规范微生物标本的采集和运送，可避免因标本不合格，产生错误的病原学检测结果而误导临床诊治。
二、微生物标本采集的基本原则.在抗菌药物使用前采集标本
临床疑似感染的患者，应先采集微生物标本送检，再使用抗菌药物进行治疗。在疑难感染或使用抗生素无效的情况下，应在下一次用药之前采集标本。2.病灶处标本更具有临床价值
感染病灶部位一般含有大量病原体，采集病灶处标本进行检测有利于得出准确的结果，建议优先采集感染病灶处标本，若无明显病灶或无法采集病灶处标本，则采集血液标本代替。在采集标本的同时，也应尽量降低采集部位的正常菌群或定植菌对标本的污染。3.严格无菌操作
标本采集过程中引入的微生物污染，会造成检测结果不准确且难以排查，故采集标本时应严格无菌操作。采集过程中使用的一切器械和标本存放容器均要保证无菌，以确保标本采集和运送过程中没有引入污染。4.样本标签和申请单信息要完整患者信息和标本信息是检测实验室识别标本的标签，临床诊断、用药情况等信息有助于检测结果的解读。送检申请单信息填写是否完整，会影响检测的时效和检测报告的准确度。三、微生物标本运送的基本原则所有标本采集后都应尽快送往实验室，保存及运送条件如下：样本类型运输条件血液标本游离核酸保存管下室温运输
非血液标本无菌保存管保存后干冰运输，尽可能低温运输四、微生物标本拒收的基本原则未使用符合标准规定的容器存放标本或运输条件不符合规定的标本；申请单必填信息不完整且影响检测实验的进行的标本；出现容器破裂、标本泄露、血液标本凝血、溶血严重或者其他质量问题的标本，出现这些情况的标本均会予以拒收。五、采集样本详解.血流感染标本
.血液标本
血液是来自无菌部位的标本。血液检测对感染性疾病的诊断、治疗和预后有重要的临床意义。血检测可以为临床进行血流感染和其他部位感染的诊断提供有力依据。快速、准确的血培养检测结果，对临床的治疗和患者的预后有着至关重要的作用。..临床采样指征
菌血症：患者出现发热（≥38℃）或低温（≤36℃），或寒颤；白细胞计数增多（计数＞0×0^9/L，中性粒细胞增多；或白细胞计数减少（计数小于3×0^9/L）；有皮肤黏膜出血、昏迷、多器官衰竭、休克等全身感染症状体征，只要具备其中之一，又不能排除细菌、真菌血流感染的，应采集血液标本进行检测。
伴有以下情况之一时，应立即取样送检：医院获得性肺炎；留置中心静脉导管、PICC等血管导管＞48h；有免疫功能缺陷伴全身感染症状。
感染性心内膜炎：建议在经验用药前30min内采集标本，在怀疑左心心内膜炎时，采集动脉血可提高血液的检出率。导管相关血流感染：怀疑导管相关的血流感染，可在导管采集标本，有条件的情况下，可另外从外周静脉采集标本，同时检测，进行对照。..2血液采集注意事项
a.尽可能在患者寒颤开始时，发热高峰前30-60分钟内采血。
b.尽可能在使用抗菌药物治疗前采集血标本；如患者已经使用抗菌药物治疗，应在下一次用药之前采血。
c.采血部位通常为肘静脉，切忌在静滴抗菌药物的静脉处采血。除非怀疑有导管相关的血流感染，否则不应从留置静脉或动脉导管取血，因为导管常伴有定植菌存在。
d.采集的血液推荐存放于有游离DNA保护功能的无创专用采血管，标记好信息后立即轻微上下颠倒0次（图），确保管底抗凝剂与血液混合均匀，可常温暂存，并在采血后72h内常温运输至实验室。
e.避免在静脉留置导管连接处采血标本，避免标本污染。
f.建议使用配套的游离DNA保存管，若使用EDTA抗凝管存放血液标本，则必须置于2-8℃暂存，并在采血后8h内冰袋运输至实验室。肝素抗凝管不适用于分子生物学检测，禁止使用肝素抗凝管采集血液和其它标本。
图
2.呼吸道感染标本呼吸道感染分为上呼吸道感染和下呼吸道感染。不同部位的感染病原菌差异较大，上呼吸道感染多以病*为主，下呼吸道感染病原菌多样，选择合适的标本尤为重要。因为标本很容易受到口咽部菌群的污染，导致检测结果与临床不符，误导临床诊断与治疗。2.咽拭子标本
2..临床采样指征
咽拭子标本可用于诊断上呼吸道感染。突发的咽痛、扁桃体肿大、颈部或颌下淋巴结肿痛，常伴有发热，通常无咳嗽和明显的鼻溢。2..2采集注意事项
嘱患者张口发"啊"音，以暴露咽喉部，必要时用压舌板；取出咽拭子中的无菌长棉签，快速擦拭两侧腭弓和咽、扁桃体的分泌物，扁桃体有脓点时最好挤破脓点并采集脓性物，将咽拭子头浸入有保存液的保存管中，折断去除尾部，拧紧瓶盖用封口膜封存好后及时打包送检实验室。2.2痰液标本
痰液标本主要是肺部感染的诊断。但它不是诊断肺部感染的最佳标本，肺泡灌洗液或经气管吸取物的标本结果更为准确。
2.2.临床采样指征
咳嗽、脓性痰、伴有发热、影像学检查出现新的或扩大的浸润影；气道开放患者，出现脓痰或血性痰；考虑下呼吸道感染患者采集痰液标本，可同时采集血液标本送检。
2.2.2采集注意事项
痰标本采集前，要判断患者是否有能力配合完成深部咳痰。要向患者充分说明口腔清洁、深咳、避免口咽部菌群污染的意义，指导患者如何正确留取痰标本。患者应在医生或护士直视下留取痰液标本。采集好的痰液应用无菌、干燥的管子保存，拧紧瓶盖用封口膜封存好后及时打包送检实验室。2.3支气管镜-肺泡灌洗液
采集肺泡灌洗液进行检测，可减少口咽部菌群的污染，提高检测结果的准确性。
2.3.临床采样指征
对于疑似肺炎患者，若有机会进行气管镜检查，则可同时采集肺泡灌洗液进行培养。不能进行深部咳痰的患者，也可考虑通过气管镜获取标本。
2.3.2采集注意事项
患者咽喉局部麻醉后，导入纤维支气管镜，选取病变段严重区域进行灌洗或采样。通过纤维支气管镜对病灶所在支气管以下肺段或亚肺段水平，用37℃或室温无菌生理盐水多次灌洗，每次注入20~60ml（常规进行4~5次），直到总共灌洗00-ml，并充分吸引回收，从回收液中取出0ml标本，放入无菌管中，拧紧瓶盖用封口膜封存好后及时打包送检实验室。
2.4气道吸取标本
2.4.临床采样指征
有气管插管或气管切开等人工气道患者，无法自行咳痰，可通过吸痰管从气道吸取标本。
2.4.2采集注意事项
通过气管内插管将一次性无菌吸痰管推进呼吸道直至遇到阻力后开始抽吸，留取标本在吸痰杯内，拧紧瓶盖用封口膜封存好后及时打包送检实验室。
3.中枢神经系统感染标本
3.脑脊液样本
脑脊液是诊断中枢神经系统感染最主要的标本。
3..临床采样指征
临床出现不明原因的头痛、发热、脑膜刺激征（颈强直、克氏征、布氏征阳性）、脑神经病理征象；脑积水；脑性低钠血症等症状，怀疑中枢神经系统感染时应送检脑脊液标本。
3..2采集注意事项
怀疑患者细菌性脑膜炎时，应在抗菌药物使用之前采集脑脊液标本，如怀疑存在颅内压增高时，应先行检查头颅CT，必要时，可先予以脱水治疗再行穿刺。由临床医师采集，严格执行无菌操作。消*穿刺部位皮肤，通常在第3、4腰椎或第4、5腰椎间隙插入带有管芯针的空针，进针至蛛网膜间隙，拔去管芯针，收集脑脊液到无菌管，脑脊液的送样量应不低于.5ml，拧紧瓶盖用封口膜封存好后及时打包送检实验室。
4.皮肤及组织感染标本皮肤及软组织感染（SSTI）是致病菌侵犯表皮、真皮和皮下组织引起的炎症性疾病。皮肤及软组织感染包括烧伤创面感染、手术后切口感染、急性蜂窝织炎、外伤感染、咬伤感染及褥疮感染等。对大多数开放性损伤感染部位的取样，应在清洁创面后，在无菌条件下于深层基底或病变中心及边缘取样。
4.脓肿标本4..临床采样指征皮肤或皮下脓肿受累部位出现红、肿、热、痛，需手术切开引流时，有深部脓肿表现为局部疼痛和触痛并伴有全身症状，发热、乏力、食欲减退时，或者创伤或手术部位感染时，可采集病灶处的脓肿标本进行送检。
4..2采集注意事项尽可能在抗菌药物使用前采集。闭锁性脓肿或深部切口感染标本不能用拭子采集，需要对病灶局部的皮肤或黏膜表面彻底消*，用注射器抽取脓液，放入无菌容器内送检。开放性脓腔需先进行清创。用无菌生理盐水清洁创面后，用拭子采集深部伤口或溃疡基底部的分泌物，至少采集两个拭子，置入有保存液的管子，拧紧瓶盖用封口膜封存好后及时打包送检实验室。
4.2烧伤创面感染标本4.2.临床采样指征由于烧伤的早期创面无菌，烧伤后2h勿采集标本。当患者出现发热、创面恶化时，再考虑采样。4.2.2采集注意事项首先应用无菌生理盐水或注射用水清洁创面。采用无菌棉拭子用力刮取创面，放入至有保存液的管子内送检，在无菌条件下，也可切取深度烧伤痂下组织，以0.3~0.5g为宜。
4.3石蜡包埋/切片组织标本石蜡包埋的组织，应提前切片送检，保存时间半年以内，每张面积0mm×0mm，厚度约5~0μm，至少5片，用载玻片片盒或EP管保存送检，常温运输。
5.其它标本
5.胸水标本
胸水以细菌性胸膜炎最为常见，也可见于膈下炎症、肺结核、肺炎等疾病。低蛋白或肿瘤性疾病也可以引起的胸腔积液。
5..临床采样指征
患者听诊、影像学检查发现胸腔积液，胸腔穿刺后发现胸腔积液浑浊、乳糜性、血性或脓性，考虑感染性胸腔积液（肺结核、肺炎、胸膜炎）患者应送检。
5..2采集注意事项
由临床医师经皮穿刺或外科方式获得，严格执行无菌操作。通过影像学或叩诊定位穿刺部位，消*穿刺部位皮肤，麻醉穿刺部位，用中空孔针穿刺至胸膜腔内，抽取胸水标本5-0ml至无菌管，拧紧瓶盖用封口膜封存好后及时打包送检实验室。
5.2腹水标本
腹腔积液分为漏出液和渗出液，渗出液多由感染引起，常见细菌、结核分枝杆菌、厌氧菌感染。
5.2.临床采样指征
出现但不局限于发热、腹胀、腹部疼痛、压痛、反跳痛；并经影像学检查发现腹腔内积液者。
5.2.2采集注意事项
尽可能在抗菌药物使用前采集。由临床医师经皮穿刺或外科方式获得；严格执行无菌操作。可由超声定位。消*穿刺部位皮肤，麻醉穿刺部位，用中空孔针穿刺，标本采集后可注入无菌管送检，拧紧瓶盖用封口膜封存好后及时打包送检实验室。5.3关节液标本
感染是导致关节滑膜炎一个主要原因。常见细菌感染，偶见病*、真菌、分枝杆菌感染。可抽取关节腔积液进行检测。
5.3.临床采样指征
影像学发现关节腔积液，伴有关节肿胀、疼痛，活动受限，病因不明、治疗无效，怀疑感染性关节炎应送检关节液样本。
5.3.2采集注意事项
尽可能在抗菌药物使用前采集。关节腔穿刺应由有经验的临床医师在严格的无菌操作下进行。严格的皮肤消*，局部麻醉穿刺部位，中空针头穿刺入关节腔，尽可能多地抽取关节液标本，标本采集后可注入无菌管送检，拧紧瓶盖用封口膜封存好后及时打包送检实验室。
5.4尿液标本
泌尿系统感染可分为单纯性尿路感染、复杂性尿路感染及尿脓*血症，诊断主要通过采集尿液标本进行微生物学检测。尿液标本通常是无菌的或有暂时性少量定植菌存在。在标本采集过程中，应避免尿液被尿道或尿道周围的正常菌群污染。
5.4.临床采样指征
当患者出现尿频、尿急、尿痛、血尿、肾区疼痛等症状，同时可能伴有寒颤、高热、白细胞计数升高，怀疑存在泌尿系感染；或尿常规结果提示泌尿系感染；或留置导尿管患者出现发热时，应考虑送检尿液标本。
5.4.2采集注意事项
清洁的中段尿标本，是泌尿系感染诊断的主要标本，如何避免采集过程中周围皮肤黏膜及尿道定植菌的污染，是标本采集的关键。中段尿标本的采集往往由患者独立完成，应向患者充分说明留取无污染中段尿的意义和具体采集方法。尽可能在未使用抗菌药物前送检，晨尿最佳。采集完成后拧紧瓶盖用封口膜封存好后及时打包送检实验室。
5.5粪便标本5.5.临床采样指征粪便是诊断胃肠道感染的最主要标本。当患者出现腹痛、腹泻（水样便、脓血便），或伴有发热粪便常规镜检异常时，可送检粪便拭子标本。
5.5.2采集注意事项
标本的采集尽可能在应用抗菌药物治疗前，标本应收集在宽口便盒内，采集时洗干净双手，拆开采样拭子，注意不可触碰拭子头部，拧开装有保存液的保存管，管盖口朝上放置备用。将拭子对准大便中央插入，并转动3~5下，保证拭子沾有大便，注意避开尿液。将拭子插入保存液中，轻轻晃动后沿折断点折断拭子，丢弃拭子柄。拧紧管盖，来回晃动保存液至少0秒，同样步骤共采集两个拭子送检。
参考资料：[]临床微生物标本采集和送检指南[J].医院感染学杂志,,28(20):-.预览时标签不可点收录于话题#个上一篇下一篇